Bisschop Gijsbertus Masius

Bisschop Sonnius werd in 1570 opgevolgd door Laurentius Metsius die een begin maakte met noodzakelijk hervormingen in het bisdom en een gewijzigde indeling in dekenaten en parochies, maar zijn werk niet heeft voltooid. Waarschijnlijk vanwege de oorlogsomstandigheden verliet hij het bisdom in 1577 en bleef tot aan zijn dood in Namen. Hij werd in 1884 opgevolgd door Clemens Crabeels die in zijn korte episcopaat de verhoudingen met het kapittel van de Sint-Jan verbeterde en de problemen over geldkwesties met de abdij van Tongerlo uit de wereld  hielp.

Crabeels werd in 1594 opgevolgd door Gijsbertus Masius, die bij zijn aantreden als bisschop al vijftien jaar kanunnik was van de Sint-Jan en vanaf 1584 plebaan van dezelfde kerk. Hij kende de Bossche verhoudingen en gevoeligheden goed. Masius had onmiskenbare pastorale kwaliteiten zoals blijkt uit zijn preken en vele brieven. Hij verdiepte zich grondig in de problemen van de parochies en met name in het functioneren en de kwaliteiten van de pastoors. Om het contact met de zielzorgers in zijn bisdom te versterken organiseerde hij synode-vergaderingen waarin hij sprak over de noodzaak de Heilige Schrift te lezen en waarin hij hen aanspoorde te leven overeenkomstig de waardigheid van hum ambt. Hij sprak daar ook over zijn wens om een eigen seminarie te stichten voor de opleiding van priesters. Hoewel hij de voorbereidingen daarvoor heeft getroffen, heeft hij dit echter niet meer kunnen realiseren. Wel lukte het hem in 1610 om in Den Bosch een college van de Jezuïeten te vestigen. Dit college was een diepte-investering omdat het voorzag in een goede opleiding van de opgroeiende jeugd waarin de door het concilie van Trente bepaalde opvattingen een grote rol speelden. Ook voerde hij - in 1612 - de beknopte catechismus van pater Ludovicus Makeblijde in om de jeugd al jong vertrouwd te maken met de katholieke geloofsprincipes. 

Masius overleed in 1614. In de twintig jaar van zijn episcopaat was de toestand van het bisdom aanmerkelijk verbeterd en het gezag van de bisschop hersteld. Samen met de organisatorische verbeteringen van Metsius en bestuurlijke maatregelen van Crabeels was daardoor de positie van het bisdom sterker dan voorheen en was de katholieke geestelijkheid beter in staat om de concurrentie met het protestantisme aan te gaan.