Katholieke enclaves
In het noordoosten van het huidige Noord-Brabant lagen vanouds enkele vrije heerlijkheden. De macht was daar in handen van buitenlanders. Toen de Staten Generaal na de Vrede van Münster het gezag kreeg over het noordelijk deel van het voormalig hertogdom, werd de soevereiniteit van deze gebieden door hen gerespecteerd.
Praktisch betekende dit dat het verbod op de openbare uitoefening van de katholieke godsdienst daar dan ook niet gold. Het werden toevluchtsoorden voor reguliere religieuzen uit het veroverde deel van Brabant en voor gelovigen die in deze gebieden hun godsdienstige plichten konden vervullen.
De Commanderij Gemert viel onder het gezag van de Ridders van de Duitse Orde. Dat was niet zonder slag of stoot gegaan, want de Staten Generaal betwistten jarenlang de door de Orde geclaimde soevereiniteit. Na verschillende procedures werd echter in 1662 alsnog besloten deze claim toe te staan onder bepaalde voorwaarden, zoals de vrije uitoefening van het protestantisme naast het katholicisme en een verbod op kloostervestigingen.
Belangrijk was de ligging in deze vrijheid van de bedevaartplaats Handel, dat een belangrijk toevluchtsoord werd voor katholieken uit andere delen van Brabant. Ook de soevereine rechten van het Graafschap Megen werden enige tijd door de Staten Generaal betwist, maar uiteindelijk toch erkend.
Ravenstein had een woelige geschiedenis maar wist de onafhankelijkheid van de Republiek vol te houden, hoewel men wel tot 1672 een Staats garnizoen moest accepteren. Zowel Megen als Ravenstein waren via een personele unie verbonden met het hertogdom Kleef. Ook het Ambt Oeffelt behoorde tot het hertogdom Kleef.
Boxmeer was vanaf de 16de eeuw in leen bij de graven Van den Berg. In de 17de eeuw wisten die door handig manoeuvreren hun soevereiniteit te behouden en Boxmeer werd één van de belangrijkste katholieke centra van Brabant.
Het Land van Cuijk was in 1559 door Filips II verpand aan Willem van Oranje. Zijn rechtsopvolgers uit het huis van Oranje fungeerden als heren van Cuijk. De Oranjes hebben de religieuze rechten van de katholieken in dit gebied gerespecteerd, zodat bijvoorbeeld het klooster van Sint-Agatha na de Vrede van Münster niet hoefde te verdwijnen.
Ook het door Maurits in 1602 veroverde Grave was in leen bij de Oranjes. Bij 's-Hertogenbosch lag Bokhoven waarvan de heren sinds 1640 de titel graaf voerden. Het werd beschouwd als een onderdeel van het Duitse rijk.
